В 1918 году Декретом Совета Народных Комиссаров все (кроме специальных, для обучения взрослых) учебные заведения были переданы в ведомство Народного Комиссариата по просвещению.
16 октября 1918 г. решением Коллегии народного комиссариата по просвещению Высшие женские курсы были преобразованы во 2 Московский государственный университет: «Преобразовать Высшие Женские Курсы во 2-ой Государственный Университет, сделав его смешанным учебным заведением, но не считая его вновь созданным Высшим Учебным Заведением». В решении Совета Народных Комиссаров оговаривалось, что 2 МГУ является учебным заведением смешанного типа, и теперь там будут учиться не только женщины, но и мужчины. Прекрасная оценка вновь созданному Университету и его преемственности с ВЖК дана в приветствии С.А. Чаплыгину академика А.Н. Крылова: «Наконец, Академия наук не могла не упустить из вида Вашу деятельность, как организатора и директора бывших Московских Высших Женских Курсов. Стоило на них только переменить вывеску и они, с полным правом, как по духу, так и по научной постановке преподавания слились со старейшим в нашем Союзе Университетом».
В 1919 г. физико-математические факультеты I и II университетов были слиты, и в составе 2-го МГУ из физмат факультета МВЖК осталось одно отделение — химико-фармацевтическое, которое постановлением отдела ВУЗов от 09.03.1920 г. было преобразовано в химико-фармацевтический факультет. До преобразования отделения в факультет обязанности декана исполнял проф. Б.К. Млодзиевский.
До революции фармацевтической промышленности в России практически не было, а потребности в медикаментах удовлетворялись в основном немецкими фирмами. И только в 1918 г. был поставлен вопрос о создании отечественной химико-фармацевтической промышленности и необходимости подготовки кадров для нее. Вначале химико-фармацевтический факультет 2-го МГУ имел два цикла (отделения): собственно химико-фармацевтическое и судебно-химическое. В 1921 г. были созданы муниципальные и бальнеологические отделения; в 1924 г. судебно-химическое, бальнеологическое и муниципальное объединены в общее аналитическое отделение и введено новое — ботанико-фармацевтическое отделение. К 1924 г. фармацевтическое отделение стало называться «основным».
С 1919 по 1924 год 2 МГУ возглавлял выдающийся российский и советский химик-органик, профессор С.С. Наметкин, работавший с 1913 года заведующим кафедрой органической химии в течение 25 лет, впоследствии Академик АН СССР и Лауреат двух Сталинских премий.
Химико-фармацевтический факультет готовил: химиков аналитиков, специалистов по изучению минеральных вод, лечебных грязей, химиков-гидробиологов. В 1925 году деканом становится проф. Реформатский, зам. Декана проф. Прозин. На факультете был организован “Химико-фармацевтический журнал”. В эти годы решались сложнейшие задачи перестройки образования, подготовки инженерно-технических кадров, участия вузов в восстановлении промышленности и сельского хозяйства в трудных условиях. 
На факультете эта работа проводилась под руководством передовой профессуры: А.М. Беркенгейма, Б.К. Млодзиевского, С.С. Наметкина, М.И. Прозина, А.Н. Реформатского, О.Н. Цубербиллер и других. Профессора факультета при поддержке студентов боролись за подготовку химиков-производственников. В учебный план постепенно вводятся дисциплины, необходимые инженеру-технологу. Особенно большую работу проводил в этом направлении профессор М.И. Прозин. С 1929 года факультет становится химическим факультетом ВТУЗовского типа со специальностями: химико-фармацевтической, основной химией, анилино-красочной, редких элементов, коксо-бензольной и органического синтеза. Срок обучения на химико-фармацевтическом факультете был 5 лет. Специальность начиналась с третьего курса, пятый год отводился на дипломную работу. В 1923-24 г. была введена производственная практика, так называемая “аптечная”, между 2-м и 3-м годом обучения и заводская - между 3-м и 4-м годами.
Факультет возглавлялся и руководился деканатом, в составе декана, заместителя (впоследствии секретаря) и представителя от студенчества. В 1923-1924 гг. деканом был проф. Вульф, зам. декана проф. Прозин М.И. В 1925 году деканом становится проф. Реформатский, зам. Декана проф. Прозин. В 1927-1928 гг. упраздняется должность зам. декана, деканат сводится к двум лицам: декан, секретарь. Сохраняется студенческий представитель. Выпускники факультета идут работать на заводы.
Выпускники получали хорошую подготовку, привлекались к выполнению научно-исследовательских работ, которые получили достаточно широкий размах, несмотря на то, что деньги на их выполнение почти не отпускались. За 1922-1928 г.г. было опубликовано 300 работ и 11 научных монографий. Наибольшие успехи были достигнуты в области органической и фармацевтической химии под руководством заве-дующих кафедрами академиков С.С. Наметкина, В.М. Родионова, проф. А.М. Беркенгейма. Производство новых медицинских препаратов внедрялось на фармацевтическом заводе, принадлежавшем факультету (так, в 1926 году было произведено препаратов более чем на 70 000 рублей по методикам, разработанным на факультете).
Для выполнения учебного плана факультет имел 36 учебно-вспомогательных учреждений. Среди них два были уникальными: фармацевтический завод и питомник лекарственных и технических растений. В 1920 г. профессор А.М. Беркенгейм добился передачи коллегией химотдела ВСНХ 2-му МГУ фармзавода № 17 вместе с оборудованием и аппаратурой. Этот завод стал технологическим дополнением к лаборатории фармацевтической химии и единственным местом прохождения заводской производственной практики студентами-фармакологами. 
Здесь же проходила опытно-промышленная отработка технологий получения веществ, разработанных в фармацевтической лаборатории, а с 1921 г. осуществлялось производство отечественных лекарственных препаратов. Питомник лекарственных и технических растений был заложен на площади в 2200 кв. м. весной 1927 г. в связи с организацией ботанико-фармацевтического цикла и обслуживал ряд ботанических и фармацевтических дисциплин, а также дисциплин основного цикла. Осенью 1929 г. был собран гербарий из 172 растений (дубликат передан Научному химико-фармацевтическому обществу при 2-м МГУ). Коллекция растений постоянно расширялась. Питомником издавался каталог, был налажен широкий обмен семенами с 15 опытными станциями и организована бесплатная рассылка семян, черенков и луковиц. Площадь питомника к этому времени увеличилась до 5000 кв. м. В 1925–1927 гг. в стране началось развитие высшего технического образования. Страна остро нуждалась в инженерах и молодежь факультета стремилась идти «из аптек на производство». В сентябре 1929 г. факультет стал химическим факультетом втузовского типа со специальностями: химико-фармацевтической, основной промышленности, анилино-красочной, эфиро-масляничной, редких элементов, коксобензольной и органического синтеза. В 1928–1929 учебном году была введена «непрерывная» производственная практика. Можно сказать с уверенностью, что педагогическая и научно-исследовательская работа химико-фармацевтического факультета 2-го МГУ велась на высоком уровне и факультет заслуженно пользовался хорошей репутацией. Так, в 1928 г. на 80 мест держали испытание 771 человек.
Жизнь ставила все новые и новые задачи, рос факультет и количественно. Уже к 1929 году число студентов увеличилось до 1100 человек. Однако рамки 2-го МГУ в известной мере тормозили подготовку инженеров. Вот что было написано в открытом письме ячейки ВЛКСМ факультета, опубликованном в «Комсомольской правде» 13 декабря 1929 г.: «Мы ставим вопрос о выделении факультета в самостоятельный ВТУЗ, ибо наличие в Университете педагогического и медицинского факультетов тормозит все наши мероприятия».