В 1993 году институт преобразовывается в академию и получает название Московская государственная академия тонкой химической технологии им. М.В. Ломоносова.
Меняется статус вуза, меняется и диапазон работ МИТХТ. Наряду с традиционными, технологическими, появляются новые специальности гуманитарно-управленческого профиля: экономика, менеджмент, защита окружающей среды, стандартизация и сертификация. Эти специальности подчинены основным технологическим и решают свои узкопрофильные задачи.
МИТХТ одним из первых вузов России переходит на многоуровневую систему подготовки специалистов. Это было обусловлено новыми экономическими требованиями и необходимостью быстрой адаптацией инженерных кадров к смене ассортимента продукции и условиям рыночной экономики.
Новая система предполагает широкопрофильную подготовку в бакалавриате, после окончания которого студентам предлагается выбрать конкретное направление своей будущей деятельности: научно-педагогическое с обучением в магистратуре или инженерное с обучением по программам подготовки дипломированных специалистов.
Таким образом, академия задолго до подписания соответствующих документов, в частности Болонской декларации начала отрабатывать новые методы и формы организации учебного процесса. Уже в 1989 году ученым советом была принята новая концепция многоуровневой системы высшего химикотехнологического образования, а с 1991 года по решению Госкомвуза начата ее экспериментальная отработка.
Многоуровневая образовательная система оказалась очень гибкой. Она быстро реагирует на потребности рынка труда созданием новых направлений подготовки и специализаций, решает задачу целевого набора, позволяет формировать индивидуальные траектории обучения, параллельно получать с наименьшими затратами второе высшее образование. Повысился уровень квалификационных работ, а 90% из них рекомендуется государственными аттестационными комиссиями к опубликованию в научных журналах.
Следует отметить, что одна из традиций МИТХТ, сложившаяся еще при его формировании, сочетание образования и науки – поддерживается и совершенствуется. Поэтому переход на многоуровневую систему подготовки оказался легким, ведь магистров можно качественно готовить только в рамках ведущих научных школ.
На базе научно-методических школ, успешно функционирующих в стенах академии и известных далеко за пределами Российской Федерации, проводятся научные исследования, готовятся кадры высшей квалификации.
Профессорско-преподавательский состав академии – традиционно исключительно высокого качества. МИТХТ находится в первых рядах технических вузов страны, где работает наибольшее количество докторов и кандидатов наук, профессоров, доцентов. Из более 400 преподавателей трудятся 120 докторов и более 250 кандидатов наук. В МИТХТ создается программа поддержки молодых преподавателей, в рамках которой удалось создать условия для повышения их квалификации, подготовки и защиты кандидатских диссертаций, несколько увеличить зарплату молодежи. 
В 1970 году вышло постановление ЦК и Совмина СССР о строительстве комплекса зданий для нашего учебного заведения на юго-западе столицы. Строительство началось. Сильные в те времени отрасли, такие, как химическая промышленность, цветная металлургия, заинтересованные в наших специалистах и исследованиях, помогали строительству, выделялись и бюджетные средства.
Правда строительство было заморожено почти на 10 лет. И только в 2000 году было принято оригинальное нестандартное решение об окончании строительства – часть земли, которая закреплена за академией, передали инвесторам для строительства жилья, а за счет средств, полученных от ее реализации, было завершено строительство комплекса.
В МИТХТ создан мощный центр коллективного пользования, в котором сосредоточены современные уникальные приборы, необходимые для научных исследований.
Единство учебного и научного процессов – один из главных принципов деятельности МИТХТ и необходимое условие, особенно при многоуровневой образовательной системе, для повышения качества подготовки магистров, инженеров, кандидатов и докторов наук. Без проведения научных исследований невозможно воспроизводство профессорско-преподавательского состава высших учебных заведений.
В МИТХТ представлены научные школы, которые создавались выдающимися деятелями отечественной науки: Н.Д. Зелинским, А.Н. Несмеяновым, Я.К. Сыркиным, К.А. Андриановым, С.С. Наметкиным, Г.Г. Уразовым, С.С. Медведевым, И.Н. Назаровым, И.Л. Кнунянцом, И.А. Алимариным, Н.П. Федоренко и многими другими известными всему миру учеными.
Был реализован интересный и перспективный проект совместно с Министерством образования и науки РФ, это снабжение удаленных сельских школ, которым не хватает элементарного оборудования, микролабораториями. Каждая из них занимает всего лишь 0,5 кв.м., но в ней собраны все необходимые реактивы, химическая посуда, горелки и прочее. Лаборатории подкреплены виртуальным контентом – на прилагаемых дисках содержится обучающая система. Такие лаборатории созданы по химии, физике и биологии. В МИТХТ было выпущено более полутора миллионов микролабораторий.
11 февраля 2004 года в торжественной обстановке была перерезана ленточка, и комплекс зданий академии полностью вступил в строй. Он наконец-то начал функционировать в полном объеме через 33 года после начала строительства. МИТХТ выстоял в трудные годы, продолжая наращивать свой учебный и научный потенциал. Это оказалось возможным благодаря сплоченности и энергии коллектива единомышленников, сложившегося в Московской государственной академии тонкой химической технологии им. М.В. Ломоносова.
2000 год. Отшумел 100летний юбилей МИТХТ в киноконцертном зале «Россия» под профессиональный комментарий диктора Центрального телевидения Анны Шатиловой и доцента МИТХТ Бориса Богатикова (директора МИТХТ хранителя нашей истории). И вот уже новая круглая дата, пусть неофициальная, но достойная стать праздником: 110 лет со дня основания вуза.
110 лет – это и 80 лет МИТХТ как самостоятельному институту, и 70 лет как мы носим имя М.В. Ломоносова, и 40 лет как наши заслуги в деле подготовки кадров отмечены орденом Трудового Красного Знамени. И вот уже 10 лет из 110 вуз прожил в новом веке и новом тысячелетии.
Прошедшие комплексные проверки МИТХТ в 2003 и 2008 г.г. не только подтвердили соответствие лицензионным и аккредитационным показателям, но и показали значительное превышение многих из них: МИТХТ по многим результатам своей деятельности на 95% соответствует университетскому статусу.
МИТХТ опередил процесс законодательного перехода высшего образования страны на уровневую систему подготовки кадров, идея которого родилась еще в 1987 году и была оформлена решением Ученого совета. В определенной степени коллектив искал свой путь развития в трудные 90-ые годы и, как показала практика, мы выиграли, реализовав (с 1991 года по заданию Госкомвуза) оригинальную трехуровневую структуру образовательных программ. В 2006 году в МИТХТ была проведена презентация нашего опыта с участием заместителя Министра образования и науки Калины Исаака Иосифовича, директоров институтов РАН, компаний, успешных выпускников МИТХТ, который получил высокую оценку. Опыт работы МИТХТ использован при формировании современной нормативной базы сферы Российского образования и отмечен Премией Правительства в 2007 году.
В 2007 году коллектив вуза принял участие в конкурсе вузов, реализующих инновационные программы. МИТХТ им. М.В. Ломоносова предложил инновационную образовательную программу «Подготовка элитных кадров для приоритетных направлений наукоемких химических технологий». Выбор такого направления инновационного развития МИТХТ обусловлен:
1) многолетним опытом подготовки элитных кадров (магистров и аспирантов) для РАН и ГНЦ. В МИТХТ практически сложилась система компетенций, сформулированных научным сообществом в виде требований к нашим выпускникам, которые положены в основу реализации магистерских программ;
2) высокими показателями трудоустройства выпускников магистратуры МИТХТ (не менее 90% магистров МИТХТ ежегодно принимается на работу или в аспирантуру в институты РАН и ведущие ГНЦ);
3) выпуском аспирантов с защитой диссертаций в срок не позднее одного года после окончания аспирантуры около 6070 % от приема, что является одним из самых высоких показателей среди вузов РФ;
4) эффективным взаимодействием с крупными компаниями, промышленными предприятиями и положительными тенденциями развития химических отраслей позволяют академии, которые позволяют расширить подготовку элитных кадров, владеющих навыками инновационной и практической деятельности. 
С 2008 года МИТХТ имеет сертифицированную по ИСО 9001:2000 систему менеджмента качества образовательной деятельности и последующие ежегодные аудиты подтверждают нашу профессиональную состоятельность.
Для трансфера новых идей и практических разработок в МИТХТ создаются Молодежный бизнесцентр, Ассоциация молодых ученых, Технологический центр. Академия проводит активную работу по созданию малых инновационных предприятий. В МИТХТ в соответствии с 217ФЗ зарегистрировано первое в Москве малое инновационное предприятие: ООО " Научно-производственная фирма «МИКС» (зарегистрировано 13.01.2010), которое разрабатывает электроизоляционные, электропроводящие, атмосферостойкие, гидрофобные, термостойкие материалы для различных отраслей народного хозяйства, ведется работа по регистрации ЗАО «Центр инновационных биомедицинских технологий». Создание МИП позволит расширить технологическую базу для подготовки специалистов и создаст новые рабочие места.
В МИТХТ проводятся междисциплинарные научные исследования, базирующиеся на разных областях знаний и часто на их стыке по направлениям: химия и технология живых систем (разработка лекарственных препаратов), оптоволоконная и полупроводниковая нанотехнологии, полимерные наноматериалы различного назначения, мембранные нанокаталитические системы, наноматериалы для электрохимических источников тока, ресурсосберегающие технологии и др. Перспективными разработками в этой области занимаются научнопедагогические коллективы кафедр Биотехнологии и бионанотехнологии, Химии и технологии биологически активных соединений. Начиная с 1990ых годов в МИТХТ созданы антираковые, противотуберкулезные, гепатопротекторные препараты, диагностические средства, различные тестсистемы и др., причем ряд препаратов относят к так называемым «средствам направленного адресования».
В качестве другого примера можно привести исследования, связанные с получением и внедрением в нашей стране нового мягкого метода удаления злокачественных опухолей – фотодинамической терапии рака с помощью особых веществ – фотосенсибилизаторов и низкоинтенсивного облучения лазером. Был создан и запатентован первый отечественный фотосенсибилизатор «Фотогем», который помог тысячам больных. На основе природных хлорофиллов разрабатываются новые эффективные фотосенсибилизаторы с терапевтической полосой поглощения в ИКобласти спектра, позволяющие удалять более глубокозалегающие и крупные опухоли, а также окрашенные опухоли, включая трудно поддающуюся лечению меланому.
Особых успехов в работе, выполняемых по приоритетному направлению «Живые системы», достигла научная школа во главе с академиком РАМН В.И Швецом. Серьезные результаты получены на кафедре химии и технологии биологически активных соединений. Кафедра химии и технологии высокомолекулярных соединений исследует возможности применения полимеров в медицине, в частности, для использования эффективных диагностических тест-систем.
МИТХТ имеет опыт выполнения грантов с весьма солидным финансированием. По одному из них разработана технология производства высокотехнологичной продукции – портативных автономных зарядных устройств на основе щелочных топливных элементов с градиентнопористыми матричными структурами. Цена работы составила 105 млн. руб. Во время выполнения проекта разработано 5 превосходящих мировой уровень технологий, подано 10 патентов. Результаты интеллектуальной деятельности отражены более чем в 20 публикациях.
