В конце октября 1941 г. по решению ГКО института был частично эвакуирован в г. Березники Пермской области. Часть кафедр оставалась в Москве, а некоторые оказались поделенными пополам. Студенты также разделились - часть в Березниках, часть в Москве, а некоторые самостоятельно эвакуировалась в разные города. Учебный процесс был нарушен, студентки жили в здании института, так как принадлежавший институту корпус № 3 в студгородке на Соколе был поврежден крупнокалиберной бомбой, а корпус № 4 в Дорогомиловском студгородке был заселен жителями из окружающих домов, разрушенных или поврежденных бомбежкой. Зимой 1941/42 г. институт не отапливался из за выхода из строя отопительной системы, некоторые помещения обогревали газовыми горелками или электроплитками, но подача газа и электроэнергии часто нарушалась. Некоторые преподаватели вели занятия со студентками на дому. Несмотря на огромные трудности, на кафедрах, оставшихся в Москве, велась и научная работа. В мае 1942 г. начали возвращаться в Москву студенты и преподаватели, к началу учебного года часть института, эвакуированная в г. Березники, полностью вернулась в Москву. Был проведен прием студентов на 1-ый курс, но план приема не был выполнен - принято 70 студентов при плане 150. Основная трудность заключалась в том, что иногородние абитуриенты для въезда в Москву должны были иметь пропуск или вызов на работу, что могли делать только крупные предприятия. Известную помощь оказывал институту завод “Каучук” - он посылал вызов абитуриентам, которые получали работу на заводе, а учились на вечернем факультете. На заводе “Каучук” работали и многие студентки, учившиеся на дневном факультете.
В Академии химической защиты им. К.Е. Ворошилова в начале августа из студентов трех вузов - МИТХТ, МХТИ и ДХТИ, окончивших в них 2-3 курса, был сформирован курс слушателей. Костяк курса составляли студенты МИТХТ, которых было большинство, старшиной курса назначили Н.С. Простакова, одного из немногих студентов, членов партии. Несколько позже из студентов тех же трех вузов, окончивших 4 курса, сформировали 5-ый “гражданский” курс.
Во время войны многие МИТХТяне проявили себя героями, один из ярких эпизодов связан с выпускницей МИТХТ Коротаевой Любовью Геориевной, защитившей диплом 23 июня 1941 года. В начале 1942 г. она добровольно ушла на фронт и как знающая немецкий язык попала в разведшколу, после окончания которой была заброшена с рацией в тыл врага. За успешное выполнение боевого задания ее наградили медалью “За отвагу”. Осенью 1942 г. в самый разгар боев на Кавказе Л.Г. Коротаева вместе с группой альпинистов прибыла в распоряжение Закавказского фронта. Вскоре Коротаева, а с ней альпинисты Н. Персиянинов и А. Грязнов были направлены для прохождения службы в 242 горно-стрелковую дивизию. Они попали в состав особой альпинистской разведывательной группы 897 полка. В силу своего символического значения как наивысшей точки Европы гора Эльбрус на Кавказе стала ареной ожесточённого противостояния в годы Великой Отечественной войны. В гитлеровской пропаганде установка фашистских флагов на вершинах Эльбруса в 1942 году именовалась громко — «концом павшего Кавказа», а планируемое нацистами название для Эльбруса было «Пик Гитлера». Но 13 февраля 1943 года группа советских альпинистов сбросила фашистские штандарты на западной вершине Эльбруса и водрузила красное знамя. 17 февраля и на восточной вершине был поднят советский флаг. В группе была одна женщина, Любовь Коротаева — инструктор по альпинизму. Во время разведки она и ещё один участник операции Андрей Грязнов оставили в горах разряжённую гранату с запиской, чтобы указать путь нашим наступающим войскам. Немного позже, вспоминая об этом, они сложили знаменитую «Баксанскую» песню, прославляющую подвиг советских альпинистов.
В годы войны коллективы кафедр института, в сотрудничестве с промышленными предприятиями и НИИ, ведут интенсивную научную работу по оборонной тематике и внедрению выполненных работ. Работа коллектива высоко оценена Партией и Правительством, семь ученых МИТХТ были удостоены звания лауреатов Сталинской премии, а доцент К.А. Большаков – удостоен этого звания дважды. В 1944 г. были награждены орденами директор института Г.Д. Вовченко, секретарь партбюро А.В. Хохлова, зам. Директора проф. М.И. Прозин, проф. Ф.Ф. Кошелев, доцент В.А. Лепетов и другие преподаватели и сотрудники.
В годы войны коллектив института решал сложные задачи и по подготовке инженеров по новым специальностям. Так, в соответствии с решением СНК СССР о создании в стране промышленности искусственного жидкого топлива и газа, с 1943 г. начинается подготовка специалистов по этой специальности, а в марте 1944 г. организуется кафедра искусственного жидкого топлива во главе с проф. А. Н. Башкировым.
На кафедрах успешно выполнялись с участием студентов научные работы, прежде всего по заданиям оборонной промышленности. Появилась возможность и расширить исследования, Вот некоторые из них:
Кафедра технологии тонкого органического синтеза. Под руководством заведующего профессора Н.А. Преображенского разработаны методы синтеза и организован выпуск в лабораториях кафедры значительных количеств новых для того времени сульфамидных лекарственных препаратов. Их немедленно направляли во фронтовые госпитали.
Кафедра технологии тонких неорганических продуктов. Под руководством заведующего кафедрой академика Г.Г. Уразова, доц. К.А. Большакова и проф. П.С. Киндякова разрабатывалась технология извлечения из различных видов доступного в то время сырья (шлаков, шламов и т.д.) ряда редких металлов (ванадий, кобальт и др.), необходимых для легирования специальных сортов стали.
Кафедра процессов и аппаратов химической технологии. Под руководством заведующего кафедрой профессора Н.И. Гельперина была выполнена разработка ФАБ большой мощности с заменой стального корпуса на железобетонный. Некоторое число таких ФАБ массой в 5 (пять) тонн было использовано на фронте.
Кафедра физики и химии каучука. Под руководством заведующего кафедрой профессора Б.А. Догадкина и доц. А.В. Добромысловой продолжались работы по совершенствованию латексной технологии, был разработан способ производства микропористой резины для танковых катков.
Кафедра технологии резины. Под руководством заведующего кафедрой Ф.Ф. Кошелева, доц. Н.С. Ильина и В.А. Лепетова разрабатывались резиновые клеи из синтетического каучука разного назначения, например, для склеивания резины и металла (танковые катки, резинотекстильных материалов (понтоны) и т.д.).
Кафедра синтетического каучука. Заведующий кафедрой академик С.С. Медведев и доц. С.В. Львов, М.Ф. Маргаритова, Б.П. Афетов разработали новые виды синтетических каучуков.
Кафедра теплотехники. Профессор Н.И. Краснопевцев разрабатывал конструкции новых печей, сушилок и т.д.
Кафедры неорганической химии и аналитической химии вели совместные работы (заведующие проф. В.В. Лебединский, доц. И.П. Алимарин, в дальнейшем член-корр. АН СССР и академик АН СССР). Работы по заданиях НКО - разработка способов регенерации платинированного асбеста для ВВС, анализ танковой брони, трофейных твердых сплавов, осколков снарядов и т.д.
Из института на фронт ушло по имеющимся данным, которые ни в коем случае нельзя считать полными, 129 человек - студентов, аспирантов, преподавателей, рабочих и служащих. Значительная часть архивных материалов была утрачена осенью 1941 г. и в последующие годы при различных авариях, преимущественно отопительной системы. Не вернулось с фронтов Великой Отечественной Войны 35 человек. К сожалению очень мало, даже очень мало известно о тех, кто отдал жизнь за Родину, и среди них было 20 студентов и 3 аспиранта.
Можно только с уверенностью сказать, что их нельзя ни в чем упрекнуть, что вели они себя в бою достойно. Известно, например, что НХС танковой бригады Журавлев Леонид после выхода из строя командира бригады повел бригаду в бой и погиб тоже.
С начала 1945 г., несмотря на то, что еще шли на фронтах бои, в стране начали все более интенсивно решаться вопросы мирного строительства. В институте это нашло отражение - Ученый Совет, деканат, кафедры приступили к разработке проекта учебного плана мирного времени и новых программ дисциплин. Эту работу возглавлял опытный педагог и прекрасный методист - заместитель директора по учебной работе профессор М.И. Прозин.
Работа коллектива института в годы Великой Отечественной Войны получила высокую оценку правительства. За успешное выполнение заданий ГКО, обеспечение выпуска специалистов для различных отраслей промышленности, внедрение результатов научных исследований, имеющих оборонное значение 22 сотрудника института были награждены орденами “Ленина”, “Трудовое Красное Знамя”, “Красная Звезда”, “Знак Почета”, более 100 человек - медалью “За доблестный труд в Великой Отечественной Войне 1941-1945 гг.”.
С осени 1945 г. и до весны 1946 г. в институт стали возвращаться бывшие студенты и сотрудники, оставшиеся живыми. Пришли на учебу в институт и фронтовики, не бывшие ранее студентами, а служившие в Армии сразу после окончания средней школы: Герой Советского Союза Кулак А., Степин Б. Увадьева (Степина) С., Кузнецов Н. и др. Практически все они были награждены боевыми орденами и медалями.
Пройдя суровую, жестокую фронтовую школу, вернувшись в институт, бывшие студенты принялись упорно наверстывать упущенное время. И делали это довольно успешно. Четверо остались служить в Советской Армии. Среди вернувшихся - 14 человек защитили докторские диссертации, стали профессорами, 14 человек защитили кандидатские диссертации и работали старшими научными сотрудниками и доцентами.
